通过顶点索引更快地删除边的方法[iggraph Python]

Faster way to delete edge by vertex index [igraph Python](通过顶点索引更快地删除边的方法[iggraph Python])

问题描述

我正在使用人工智能，我的一个算法需要添加和删除边。我可以用数字来做，但我的问题是：它太慢了。

如果我使用两个词典，我可以在0.2秒内运行代码。但用字形，我用的不止是5s。我不知道如何提高代码性能。

以下代码是算法的一部分。这将移除两个顶点列表之间的所有边。有谁知道如何以更好的性能做到这一点？

for vertexI in self.vertexSI:
    for vertexJ in self.vertexSJ:
        try:
            nOfLoops += 1
            edgeID = self.g.get_eid(vertexI.index, vertexJ.index)
            self.g.delete_edges(edgeID)
        except Exception as e:
            nOfErrors += 1

谢谢。

推荐答案

iggraph的数据结构针对快速查询进行了优化，但更新速度不是很快。当您添加顶点、删除顶点、添加边或删除边时，曲线图中有几个数据结构必须更新/重新索引。在许多情况下，删除单个边几乎与一次删除多个边的成本一样高。

例如，如果我理解正确的话，您上面的目标是删除落在两个顶点组(self.vertexSI和self.vertexSJ)之间的所有边。你可以像上面那样做，但这将是非常慢的，因为你是一个接一个地删除边。您可以通过首先将要删除的边的ID收集到一个列表中，然后在该列表的末尾调用self.g.delete_edges()来加快速度。但还有一个更简单的一行程序(假设您的图是无向的)：

self.g.es.select(_between=(self.vertexSI, self.vertexSJ)).delete()

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